Двадесет и пет годишният чешки живописец и педагог, който твори българска живопис, пристига през 1881 г. в Пловдив, по покана на правителството на Източна Румелия. В средата на Петко Славейков, Константин Величков, Захари Стоянов, Иван Вазов и много др. патриоти, Мърквичка развива своята дейност като художник, преподавател и организатор на бъдещото българско изобразително изкуство.
Периодът на първото десетилетие след Освобождението е време, за което Иван Вазов казва: „Нямаше нищо, трябваше всичко.” Борбата за Съединението е в разгара си и Пловдив е превърнат в културен и социален център. Така, „ Повечето поради художествените нужди на България, отколкото поради разнообразната художествена индивидуалност, Мърквичка е един от най-многостранните художници у нас.” пише за него Андрей Протич в книгата си „ Петдесет години българско изкуство”.
Своето рисунково майсторство Мърквичка започва да формира още в началото на 70-те години на ХІХ в. Пражката Академия за изобразителни изкуства. Възпитаник е на големите рисувачи- професорите Емануел Ром и Антонин Лхота. В обучението му, има култ към идеалната плавна и изящна линия. В ранните рисунки на Мърквичка от това време, личи сериозното влияние на Петер фон Корнелиус. По – късното му следване в Мюнхенската Кралска академия при Ото Зайц, насочва предпочитанията му повече към живописта, отколкото към рисунката.
Със завръщането си обаче в Прага, в края на 1870 г., той заема място на учител по рисуване в престижна пражка гимназия и работи като асистент на известния чешки график проф.Хусник, с чиято помощ си оформя, по-близък до реалността рисунков стил. Преди да дойде в България, Мърквичка рисува портрети в духа на мюнхенската академична живопис, в тъмен колорит и гладка фактура, с фина мазка: „Майка ми”/1880/, „Баща ми”/1880/ и др.
През есента на 1881 г. той започва работа като учител по рисуване в пловдивската гимназия „Александър І”. До идването му, преподавател бил грък – непрофесионален художник, който карал учениците да копират рисунки със съмнителна художествена стойност. Мърквичка има неоценими заслуги за въвеждането и овладяването на рисуването, в учебните програми на българското училище.
Скоро след назначаването си, той въвежда обучение по рисуване и за момичетата, нещо, което според негови думи, е било непознато за тогавашните времена, даже в Германия. Обучението му има доста академичен характер – рисува се по гипсови модели и от натура.
През 1886 г. прави първата си самостоятелна изложба, а после още две, съвместно с колегата си от гимназията Антон Митов.
В Пловдив Мърквичка създава и първите си композиции с маслени бои: „Пловдивски пазар“ (1883), „Сакаджии“ 1887), „Пловдивски пазар“ (1888), както и портретите. „Д-р П. Данчев“ (1883), „Йеник сред череши“ (1887) и др. През 1885 г. Източна Румелия се присъединява към България, а четири години по-късно Мърквичка се мести в София (1889). Тук той намира приятелите си от Пловдив, които са ключови фигури в България и заедно развиват активна обществена дейност. Създава някои от най-значителните си творби в областта на селския битов жанр – двата варианта на „Ръченица“ (1894 и 1906 ), двата варианта на „Задушница“ (1895 и 1899).
През 1896 г. Мърквичка заедно с Константин Величков и Антон Митов основават Държавното рисувално училище в София, и става пръв негов директор /1896-1900/. С помощта на проф. Иван Шишманов, Б.Михайлов, Г.Канела и др., той организира първото сдружение на българските художници – Дружество за поддържане на изкуството в България/преименувано през 1893г. в Дружество на художниците в България/. Заедно с Антон Митов редактира първото българско списание за изобразително изкуство – „Изкуство”/1895-1899/
Мърквичка участва в развитието на почти всички живописни жанрове – битов селски жанр, портретен, исторически, пейзажен, натюрморт.. Той е също активен илюстратор, рисува монументална живопис със светски и религиозен характер в България и чужбина.
Заедно с Антон Митов участва в стенописната украса на храм-паметник „Ал. Невски“ в София (1912). Мърквичка е автор на стенописните композиции: „Изкушението на Христос на планината“, „Христос между книжниците и фарисеите в храма“ и др.
През 90-те г. рисува голям живописен исторически цикъл „Страдания за свободата на България“ („Под игото“): „В кърджалийско време“ 1897), „Преследваният въстаник“ (1898), „Мъченици“ 1898), „Бащина глава“ 1898), „Ноктюрно на ужаса“ 1898), „Хайдути“ 1898) и др., както и първия образ на Паисий 1898) в бълг. живопис. Заедно с Антон Митов и Й. Обербауер илюстрира романите на Ив. Вазов „Под игото“ (2 изд. 1894, 3 изд. 1896) и „Нова земя “ 1896. Прави илюстрации към стихотворението на Вазов „Борът“, към спомените на Х. Ковачев за Левски, към народните приказки „Педя човек – лакът брада“, „Мечи син“…
През 1900 прекарва известно време в Париж и създава редица платна под влиянието на импресионизма и пленерната живопис: „Кози“, „Козар, „В Осиковския балкан „, „Дървосекач“, „Автопортрет на открито“ (около 1905), „Лазарки“ (1905), „Сляпа просеща циганка“ (1909), „Увещаване“ (1913).
През този период Мърквичка създава и високохудожествени си портрети:
„См. Салабашева“ (1905), „Стоян Заимов“ (1904), „Актрисата Мария Попова“ и др.
Мърквичка рисува и пейзажи: „Зимен пейзаж“, „Пътечка около р. Ерма“, „Селски пейзаж“, „Борисовата градина под късния сняг“ (ок. 1919), „Маково поле“ (ок. 1930). Заедно с Антон Митов работи декоративни платна за Земеделската банка в София, (1903), за Мавзолея в Плевен.
Участва във всички изложби на Дружеството за поддържане на изкуството в България, в много международни изложби: Париж (1900, златен медал), Сен Луи (1904, златен медал), Венеция (1908). Организира самостоятелни изложби в Пловдив (1886 и 1888 заедно с А. Митов), в Пилзен (1936 – ретроспективна), в Прага (1937 – ретроспективна).
Той е организатор и участник в първата колективна изложба в България – в Павилиона на изящните изкуства към Първото българско земеделско-промишлено изложение /бъдещия пловдивски панаир/.
Главният павилион на Първото българско земеделско-промишлено изложение (1892); тук той се представя с макет на скулптурата „България – покровителка на земеделието и занаятите“, и с 15 картини, сред които и „Улица в Пловдив“. Негов е и официалният плакат на изложението.
От кратката му автобиография на чешки език научаваме любопитни факти, свързани с народопсихологията на българина от миналото. „Не беше възможно да се намери човек да позира“, – спомня си художникът за първите години след пристигането си в България, като учител по рисуване в Пловдив през 1881 г. Предразсъдъците и суеверието за вещаещо гибел „зазиждане“ са били сериозна пречка за създаването на студийни рисунки, дори на леки наброски не само на хора, но и на животни. А без тях не е било възможно да се създаде живописна композиция, отразяваща реалистично нашия патриархален бит, обичаи и носии – тема, на която Мърквичка посвещава повече от половината си творчество. „Вървях ли по улицата, – разказва той, – често се спирах скрит някой да не ме види и рисувах интересен сюжет. Случи ми се да рисувам магаре: щом неговият стопанин ме видя, веднага го отведе, да не го урочасам.“
Рисунките му, са с всички възможни тогава техники – молив, креда, туш, сангин, акварел. Защриховката е лека и моделира обемно формите чрез меки и плавни преходи от тъмно към светло. Липсват острите противопоставяния между засенените и осветените места. Запазени са и рисункови студии към портрети с маслени бои, сред които особено ценна е тази на ученика на Мърквичка – Владимир Димитров-Майстора.
След повече от четири десетилетия, посветени на културното строителство в България, художникът се завръща в свободната си родина.
През 1921 г Мърквичка се завръща в Прага и живее там до смъртта си на 16 май 1938. Рисува портрети на чешки културни дейци:
„Й. Б. Фьорстер“ (1930), ,,Л. Шалоун“ и др. Мърквичка прекарва ежегодно по 3-4 месеца в България, където рисува композиции из българския живот: „Пашкулочистачки“, „Пред пазар“ и др. Често пътува обратно до България, но не се задържа тук. В този период Мърквичка започва да се подписва с български букви.